Ο Οργανισμός Λιμένος Ηγουμενίτσας παρέχει κατά κύριο λόγο υπηρεσίες διακίνησης επιβατών και οχημάτων και υπηρεσίες ελλιμενισμού των πλοίων. Το λιμάνι είναι βασικά επιβατικό, με ακτοπλοϊκή σύνδεση τόσο με το Εσωτερικό όσο και με το Εξωτερικό.
Συγκεκριμένα, οι γραμμές εσωτερικού που εκτελούνται από και προς Ηγουμενίτσα είναι :

• Ηγουμενίτσα – Κέρκυρα
• Ηγουμενίτσα – Λευκίμμη
• Ηγουμενίτσα – Παξοί
• Ηγουμενίτσα – Πάτρα
• Ηγουμενίτσα – Κεφαλλονιά (κατά τους θερινούς μήνες)

Οι γραμμές εξωτερικού που εκτελούνται από και προς Ηγουμενίτσα είναι :

• Ηγουμενίτσα – Ανκόνα
• Ηγουμενίτσα – Βενετία
• Ηγουμενίτσα – Μπάρι
• Ηγουμενίτσα – Πρίντεζι
• Ηγουμενίτσα – Ραβένα (περιστασιακά)

Δεδομένης της έλλειψης τόσο αποθηκευτικών χώρων (ΣΕΜΠΟ-Container Terminal, Σιλό), όσο και κατάλληλων λιμενικών υποδομών δεν γίνεται διακίνηση εμπορευμάτων, εκτός από αυτά που μεταφέρονται στα φορτηγά και στις νταλίκες, καθώς και ορισμένων χύδην φορτίων.
Ο Οργανισμός είναι υπεύθυνος για τη διαχείριση της χερσαίας ζώνης του Λιμένα, την συντήρηση και βελτίωση των κτιριακών και τεχνικών εγκαταστάσεών της όπως και την εύρυθμη λειτουργίας της. Παράλληλα εκμισθώνει σε ιδιώτες καταστήματα και γραφεία εντός του τερματικού σταθμού όπως και υπαίθριους χώρους σύμφωνα με τη σύμβαση παραχώρησης που έχει υπογραφεί μεταξύ Ο.Λ.ΗΓ. ΑΕ και Ελληνικού Δημοσίου. Συνεργάζεται επίσης με τους χρήστες του λιμένα, τους τοπικούς φορείς και τους φορείς τοπικής αυτοδιοίκησης πρώτης και δεύτερης βαθμίδας για θέματα που αφορούν την πόλη και την ευρύτερη περιοχή

ΣΥΝΟΛΙΚΗ ΚΙΝΗΣΗ ΛΙΜΕΝΑ 1996-2010