Η άμεση συνεργασία της ΕΛΙΜΕ με το Υπουργείο Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας και της Γενικής Γραμματείας Λιμένων και Λιμενικής Πολιτικής εκπορεύεται από το καταστατικό της.  Ως εκ τούτου τα αποτελέσματα των δράσεων  και οι αποφάσεις της, αποτελούν συμβουλευτικά εργαλεία της Πολιτείας, στην άσκηση της Εθνικής Λιμενικής Πολιτικής.

Η έναρξη λειτουργίας της Γενικής Γραμματείας Λιμένων και Λιμενικής Πολιτικής πραγματοποιήθηκε το 2003 περιλαμβάνοντας την Πλοηγική Υπηρεσία και τρείς Διευθύνσεις. Την Διεύθυνση Λιμενικής Πολιτικής (ΔΛΠ), την Διεύθυνση Λιμενικών Υποδομών (ΔΛΥ) και την Διεύθυνση Οργάνωσης, Λειτουργίας και Εκμετάλλευσης Λιμένων (ΔΟΛΕΛ).

 http://www.ypoian.gr/